収益物件売却の税金シミュレーション｜譲渡所得の計算方法と費用の全体像を整理する

収益物件を売ると、手元にいくら残るのか

アパートや区分マンションなどの収益物件を売却しようとしたとき、多くの人が最初に感じるのは「売れた金額がそのまま手元に入るわけではない」という漠然とした不安です。仲介手数料や登記費用に加え、売却益が出れば税金も発生します。しかし、どの費用がどのくらいかかるのか、税金はどう計算されるのか、全体像を把握できている人は多くありません。

この記事では、収益物件の売却にともなう税金の仕組みと、手取り額に影響する費用の全体像を整理します。具体的な数値例やシミュレーションの考え方も示しますが、実際の税額は物件の取得経緯・保有期間・利用状況などによって異なります。個別の判断については、多くの場合税理士や税務署にご確認ください。

この記事で整理すること：

• 譲渡所得（売却益）の計算方法と税率の基本
• 収益物件特有の「減価償却費の扱い」
• 売却にかかる費用の種類と目安
• 保有期間によって税負担がどう変わるか
• 個人所有と法人所有の税負担の違い
• よくある誤解と注意点

物件の種類や取得状況によって計算結果は大きく変わります。この記事は「考え方の入口」として活用してください。

譲渡所得の計算方法｜まず「売却益」の出し方を理解する

収益物件の売却にかかる税金は、「売却価格そのもの」ではなく「譲渡所得（売却益）」に対して課税されます。売却価格から取得費と譲渡費用を差し引いた残額が課税対象です。

譲渡所得の基本計算式

計算式は次のとおりです^[1]。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）

• 売却価格：実際に売買契約で取り決めた金額
• 取得費：物件を購入したときの価格（購入時の仲介手数料・登記費用なども含む）。ただし収益物件の場合、保有中に計上した減価償却費の累計額を差し引く必要があります（後述）
• 譲渡費用：売却のために直接かかった費用。仲介手数料・印紙税・測量費など^[2]

譲渡所得がプラスになった場合に税金が発生します。マイナスになった場合（譲渡損失）は原則として税金はかかりませんが、損益通算の扱いは物件の用途や状況によって異なります。

取得費が不明な場合の特例

購入当時の売買契約書を紛失してしまい取得費が証明できない場合は、売却価格の5%を取得費として計算する「概算取得費」を使う方法があります。ただしこの方法では取得費が非常に低く算出されるため、課税対象の譲渡所得が大きくなりやすい点に注意が必要です。

収益物件特有の注意点｜減価償却費が取得費を減らす

収益物件（賃貸用不動産）の売却では、居住用マンションや自宅の売却と異なる重要な計算ルールがあります。それが「減価償却費の累計額を取得費から差し引く」という仕組みです。

なぜ取得費が減るのか

賃貸経営をしている期間中、建物部分の取得費は毎年「減価償却費」として経費に計上できます。この減価償却費は保有中に節税効果をもたらす一方、売却時には取得費を圧縮する方向に働きます^[3]。

具体的には、取得費から「保有期間中に計上した減価償却費の累計額」を差し引いた金額が、売却時の「修正取得費」となります。

計算式で示すと次のようになります。

• 修正取得費 ＝ 購入時の取得費 − 減価償却費の累計額
• 譲渡所得 ＝ 売却価格 −（修正取得費 ＋ 譲渡費用）

具体的なイメージ（シナリオ①）

築10年の木造アパートを3,000万円で購入し、10年間賃貸経営した後に売却するケースを考えてみます。木造建物の法定耐用年数は22年で、毎年の減価償却費は建物取得費（仮に2,000万円）÷22年＝約91万円です。10年間の累計は約910万円となります。

この場合、売却時の修正取得費は「3,000万円 − 910万円 ＝ 約2,090万円」になります。仮に3,500万円で売れたとすると、譲渡費用（仲介手数料等）を約120万円とした場合の譲渡所得は次のようになります。

• 譲渡所得 ＝ 3,500万円 −（2,090万円 ＋ 120万円）＝ 約1,290万円

この1,290万円に対して税率が適用されます。保有期間が10年であれば長期譲渡所得に該当し、税率は20.315%となります（後述）。税額の目安は約262万円です。

減価償却費を多く計上していた物件ほど、売却時の譲渡所得が大きくなる傾向があります。これは「保有中の節税と売却時の課税がトレードオフの関係にある」ことを意味します。

保有期間で税率が変わる｜短期と長期の区分を確認する

譲渡所得にかかる税率は、物件の保有期間によって大きく異なります。「短期譲渡所得」と「長期譲渡所得」の2区分があり、税率の差は約2倍です^[1]。

保有期間の判定ルール

保有期間は「売却した年の1月1日時点」で判定します。実際に売却した日からさかのぼって計算するのではなく、その年の元日時点での保有年数が基準です^[4]。

たとえば2018年3月に購入した物件を2024年2月に売却した場合、2024年1月1日時点での保有期間は約5年10ヶ月です。5年超のため「長期譲渡所得」に区分されます。一方、2023年12月に売却した場合は2023年1月1日時点で約4年9ヶ月となり「短期譲渡所得」に区分されます。同じ物件でも売却のタイミングによって税率区分が変わることがあります。

税率の内訳

所得税・住民税・復興特別所得税を合算した実効税率は次のとおりです^[1]。

区分	保有期間	所得税（復興税含む）	住民税	合計税率
短期譲渡所得	5年以下	30.63%	9%	39.63%
長期譲渡所得	5年超	15.315%	5%	20.315%

※復興特別所得税は、基準所得税額に2.1%を乗じた金額です。2037年まで課税されます。

売却価格帯別の税額目安（長期譲渡所得の場合）

譲渡所得（売却益）の金額別に、長期譲渡所得税の目安を示します。あくまで参考値であり、取得費・譲渡費用の実額によって変わります。

譲渡所得の目安	長期（20.315%）の税額目安	短期（39.63%）の税額目安
500万円	約102万円	約198万円
1,000万円	約203万円	約396万円
2,000万円	約406万円	約793万円
3,000万円	約609万円	約1,189万円
5,000万円	約1,016万円	約1,982万円

短期と長期では同じ譲渡所得でも税額が約2倍異なります。売却時期の選択が手取り額に与える影響は小さくありません。

収益物件には3,000万円特別控除は原則適用されない

居住用マンションや自宅の売却では、一定の条件を満たすと譲渡所得から最大3,000万円を控除できる「居住用財産の特別控除」が利用できます。しかし収益物件（賃貸用不動産）は居住用財産に該当しないため、この特別控除は原則として適用されません。

ただし、かつて自宅として使用していた物件を賃貸に転用した場合など、一部のケースでは適用の可否について個別に判断が必要です。詳しくは税理士または税務署にご確認ください。

売却にかかる費用の全体像｜税金以外のコストも把握する

手取り額を正確に把握するには、譲渡所得税だけでなく売却にともなう各種費用も把握しておく必要があります。費用は大きく「売却時に発生する費用」と「税金」に分けられます。

主な費用項目と目安

費用項目	目安・上限	備考
仲介手数料	売買価格×3%＋6万円＋消費税（上限）	400万円超の場合の速算式。法定上限であり交渉余地あり[2]
印紙税	1,000円〜6万円程度	売買契約書の契約金額による（軽減税率の適用期間あり）[2]
抵当権抹消登記費用	1〜3万円程度	ローン残債がある場合。登録免許税＋司法書士報酬[2]
住宅ローン一括返済手数料	0〜3万3,000円程度	金融機関によって異なる
譲渡所得税・住民税	譲渡所得×20.315%（長期）または39.63%（短期）	翌年の確定申告で申告・納付[1]
測量費・境界確認費用	30〜80万円程度（任意）	土地・戸建て物件で必要になる場合あり
ハウスクリーニング等	3〜15万円程度（任意）	売却前の清掃・修繕費用

売却価格帯別の費用概算（仲介手数料・印紙税）

売却価格	仲介手数料（上限・税込）	印紙税（目安）	合計目安
2,000万円	約72.6万円	1万円	約73.6万円
3,000万円	約105.6万円	1万円	約106.6万円
5,000万円	約171.6万円	2万円	約173.6万円
8,000万円	約270.6万円	6万円	約276.6万円
1億円	約336.6万円	6万円	約342.6万円

※仲介手数料は「売買価格×3%＋6万円」に消費税10%を加算した上限額です。実際の金額は不動産会社との交渉によって異なる場合があります。印紙税は2024年3月31日まで軽減税率が適用されている契約書金額帯があります。最新の税率は国税庁のウェブサイトでご確認ください。

譲渡費用として認められる費用・認められない費用

売却にかかった費用のうち、譲渡所得の計算上「譲渡費用」として差し引けるものと差し引けないものがあります^[2]。

• 譲渡費用として認められる主な費用：仲介手数料、売買契約書の印紙税、測量費・境界確認費用、建物の取壊し費用（更地渡しの場合）など
• 譲渡費用として認められない費用：修繕費・ハウスクリーニング費用（維持管理費用に該当）、住宅ローンの返済手数料など

費用の分類は個別の状況によって判断が異なる場合があります。詳細は税理士にご確認ください。

税金の申告・納付スケジュール｜売却後の手続きを確認する

収益物件の売却で譲渡所得が発生した場合、売却した翌年に確定申告を行い、所得税と住民税を納付します。

確定申告の期間と納付期限

確定申告の期間は原則として翌年の2月16日から3月15日です^[1]。たとえば2024年中に売却した場合、2025年2月16日〜3月15日に申告します。所得税は申告期限と同日（3月15日）までに納付します。住民税は申告後に自治体から通知が届き、6月以降に納付します。

売却益が大きい場合、納税額も大きくなります。売却代金を受け取った後、税金分を手元に確保しておくことが重要です。売却代金をそのまま別の不動産購入や設備投資に充ててしまうと、確定申告時に納税資金が不足するリスクがあります。

予定納税との関係

前年の所得税額が一定額を超えた場合、翌年に「予定納税」が発生することがあります。収益物件の売却で大きな譲渡所得が発生した年は、その翌々年の予定納税額が増加する可能性もあります。キャッシュフローの計画に組み込んでおくことが望ましいです。

個人所有と法人所有で税負担はどう違うか

収益物件を個人名義で所有しているか、法人（会社）名義で所有しているかによって、売却時の税負担の仕組みが大きく異なります^[1]。

個人所有の場合

前述のとおり、個人が所有する不動産の売却益は「譲渡所得」として分離課税されます。保有期間5年超であれば20.315%、5年以下であれば39.63%の税率が適用されます。他の所得（給与所得・事業所得など）とは合算されない点が特徴です。

法人所有の場合

法人が所有する不動産の売却益は、法人の「益金」として扱われ、他の事業所得と合算して法人税が課税されます。法人税の実効税率は法人の規模や所得金額によって異なりますが、中小法人では所得800万円以下の部分に約23〜25%程度、800万円超の部分に約33〜34%程度が目安とされています^[1]。

個人の長期譲渡所得（20.315%）と比べると法人税率の方が高くなるケースもありますが、役員報酬の設定・損金算入できる費用の範囲・欠損金の繰越控除など、法人固有の税務上の手段も存在します。どちらが有利かは物件の利益規模・法人の他の所得状況・オーナーの報酬設定などによって異なるため、一概には比較できません。

項目	個人所有	法人所有
課税の仕組み	譲渡所得として分離課税	法人の益金として総合課税
税率の目安	長期20.315%／短期39.63%	実効税率約23〜34%程度（規模・所得による）
保有期間による差	あり（5年超で税率が半減）	なし（保有期間による税率差はない）
他所得との損益通算	原則不可（分離課税）	可能（法人内の損益と合算）
3,000万円特別控除	居住用のみ適用可（収益物件は原則不可）	適用なし

法人所有の物件を売却する場合、法人税の申告手続きは個人の確定申告とは異なります。事業年度終了後2ヶ月以内に法人税申告を行うのが原則です。詳細は税理士にご相談ください。

保有期間と売却タイミングの考え方｜2つのシナリオで整理する

税負担を考えるうえで、「いつ売るか」は手取り額に直結します。ここでは2つの典型的なシナリオで、判断のポイントを整理します。

シナリオ①：購入から4年目での売却を検討するケース

都市部の区分マンション（購入価格4,000万円）を投資目的で購入し、4年が経過した時点で売却を検討する状況を考えます。この場合、2024年1月1日時点での保有期間は4年未満であり、2024年中に売却すれば「短期譲渡所得（39.63%）」が適用されます。

仮に4,500万円で売れたとして、取得費（修正後）が3,700万円、譲渡費用が約150万円だとすると、譲渡所得は650万円です。短期税率39.63%を適用すると税額は約258万円になります。

一方、翌年（購入から5年超となる年）まで売却を1年延期すると、長期譲渡所得（20.315%）が適用され、同じ650万円の譲渡所得に対する税額は約132万円です。1年の売却延期で約126万円の税額差が生じる計算になります。

ただし、延期した1年間の賃料収入・管理コスト・市場価格の変動なども考慮する必要があります。税額だけを見て判断するのではなく、総合的なキャッシュフローで考えることが重要です。

シナリオ②：相続した収益物件を売却するケース

親から相続したアパートを売却するケースでは、保有期間の起算点が「被相続人（亡くなった方）の取得日」から引き継がれます。たとえば親が20年前に購入した物件を相続した場合、相続後すぐに売却しても長期譲渡所得（20.315%）が適用されます。

一方、取得費については注意が必要です。相続した物件の取得費は原則として被相続人が購入した時点の価格（＋購入時費用）が引き継がれます。長年前に購入した物件は取得費が低く、かつ減価償却費の累計額も大きいため、売却時の譲渡所得が想定以上に大きくなるケースがあります。

相続物件の取得費・減価償却累計額の確認は、売却前に税理士に依頼して整理しておくことが望ましいです。

仲介と買取の違い｜収益物件の売却方法を比較する

収益物件の売却では、一般的な仲介による売却のほか、不動産会社が直接購入する「買取」という方法もあります。それぞれの特徴を整理します。

項目	仲介	買取
売却価格の目安	市場価格に近い水準	市場価格の70〜80%程度
売却期間	3〜6ヶ月程度（目安）	1〜4週間程度
仲介手数料	発生する（売買価格×3%＋6万円＋消費税が上限）	原則不要
契約不適合責任	売主に責任が残る場合あり	免責になることが多い
入居者への影響	売却中も賃貸経営を継続	現況（入居中）のまま売却可能なことが多い

収益物件の場合、入居者がいる状態（オーナーチェンジ）での売却が一般的です。仲介で売却する場合、購入希望者は投資家が中心となり、利回りや立地条件が重視されます。買取の場合は価格が下がる分、手続きのスピードと確実性が高まります。

どちらが合理的かは、売却の急ぎ度・物件の状態・残債の有無・税引き後の手取り額の試算などを総合的に考慮する必要があります。

よくある誤解と注意点｜判断を誤りやすいポイントを整理する

収益物件の売却と税金に関しては、情報の誤解から判断を誤るケースがあります。代表的な誤解を3つ整理します。

誤解①「売却価格が購入価格を下回れば税金はかからない」

購入価格より低い金額で売却した場合でも、減価償却費の累計額が大きい場合は譲渡所得が発生することがあります。たとえば3,000万円で購入した物件に対して累計1,500万円の減価償却を計上していた場合、修正取得費は1,500万円です。この物件を2,000万円で売却した場合でも、譲渡費用を考慮しなければ500万円の譲渡所得が発生します。

「帳簿上の損失」と「税務上の譲渡所得」は別物です。売却前に税理士に試算を依頼することが重要です。

誤解②「保有5年を超えれば税金は大幅に安くなるから、急いで売る必要はない」

長期譲渡所得の税率（20.315%）は短期（39.63%）より低い点は事実です。ただし、保有期間を延ばすことで市場価格が下落したり、空室リスクや修繕費が増加したりする可能性もあります。税率だけを理由に売却を先延ばしにすることが、総合的な収支改善につながるとは限りません。

また、「売却した年の1月1日時点」で保有期間を判定するルールにより、5年超になるタイミングは物件の取得日によって異なります。「購入から5年経てばいい」という単純な計算は誤りです^[4]。

誤解③「収益物件にも3,000万円特別控除が使える」

3,000万円の特別控除は「居住用財産（マイホーム）」の売却に適用される制度です。賃貸用の収益物件には原則として適用されません。過去に自宅として使用した期間がある場合など例外的なケースもありますが、適用の可否は個別に税務署や税理士に確認する必要があります。「収益物件でも3,000万円控除が使える」という情報を鵜呑みにすると、想定外の税負担が発生するリスクがあります。

手取り額シミュレーションの考え方｜全体像を数字で把握する

ここまでの内容をふまえ、収益物件売却時の手取り額を試算する際の考え方を整理します。以下は一般的な計算の流れです。

1. 売却価格を確認する
2. 修正取得費を計算する（購入時取得費 − 減価償却費の累計額）
3. 譲渡費用を合計する（仲介手数料・印紙税・測量費など）
4. 譲渡所得を計算する（売却価格 − 修正取得費 − 譲渡費用）
5. 保有期間を確認し、適用税率を判断する（長期20.315%／短期39.63%）
6. 譲渡所得税額を算出する（譲渡所得 × 税率）
7. 手取り額を計算する（売却価格 − 譲渡費用 − 税額 − ローン残債）

具体的な試算例（参考）

項目	金額（例）
売却価格	5,000万円
購入時取得費	4,200万円
減価償却費の累計額	▲800万円
修正取得費	3,400万円
譲渡費用（仲介手数料等）	▲180万円
譲渡所得	1,420万円
税率（長期・保有6年）	20.315%
譲渡所得税（概算）	▲約288万円
ローン残債	▲1,500万円
手取り額の概算	約3,032万円

※この試算はあくまで参考例です。取得費・減価償却費の実額・適用税率は個別の状況によって異なります。実際の税額計算は多くの場合税理士または税務署にご確認ください。

収益物件売却の一般的な流れ｜ステップごとに確認する

収益物件の売却は、一般的に次のステップで進みます。全体の期間は物件の状況や市場環境によって異なりますが、3〜6ヶ月程度を目安に考えておくとよいでしょう。

媒介契約の種類と特徴

契約の種類	複数社への依頼	自己発見取引	レインズ登録	報告義務
専属専任媒介	不可	不可	5営業日以内	1週間に1回以上
専任媒介	不可	可	7営業日以内	2週間に1回以上
一般媒介	可	可	任意	義務なし

収益物件の場合、複数の投資家向け不動産会社に同時に依頼できる一般媒介を選ぶケースも見られます。一方、専任媒介・専属専任媒介は1社が集中して販売活動を行うため、担当者のモチベーションや報告頻度の面で利点があります。どちらが適しているかは物件の特性や売却の急ぎ度によって変わります。

まとめ｜収益物件売却の税金シミュレーションで押さえておきたいこと

収益物件の売却にかかる税金と費用の全体像を整理しました。要点を以下に示します。

• 譲渡所得は「売却価格 −（修正取得費 ＋ 譲渡費用）」で計算する^[1]
• 収益物件では減価償却費の累計額が取得費を圧縮するため、購入価格より低く売っても課税されるケースがある^[3]
• 保有期間5年超（売却した年の1月1日時点で判定）なら税率は20.315%、5年以下なら39.63%^[1][4]
• 収益物件には3,000万円特別控除は原則適用されない
• 売却費用は仲介手数料（上限：売買価格×3%＋6万円＋消費税）・印紙税・登記費用などが主なもの^[2]
• 譲渡所得税は翌年の確定申告（原則2月16日〜3月15日）で申告・納付する^[1]
• 個人所有と法人所有では課税の仕組みが異なる^[1]

物件の取得経緯・保有期間・減価償却の状況・ローン残債などによって、手取り額は大きく変わります。一般論だけでは決めきれない部分もあります。実際の税額計算や申告手続きについては、税理士または最寄りの税務署にご相談ください。

より具体的な売却価格の査定方法や不動産会社の選び方については、別の記事で詳しく解説しています。

※本記事の情報は一般的な知識の整理を目的としています。個別の物件・状況・税制改正の影響により、実際の計算結果や手続きは異なる場合があります。具体的な判断については、多くの場合税理士・税務署・不動産の専門家にご確認ください。